应用列表

生物小工具

• （推荐）.sc文件转换为.csv文件 - 用于将Rosetta输出的.sc文件转换为.csv文件，转换后可用excel直接打开。
• （推荐）提取基因组中的所有编码蛋白和开放阅读框(ORF)
• （推荐）20个基本氨基酸背诵测试 - 点击“今日氨基酸”按钮，每天来背诵一个氨基酸吧！
• 输出基因序列的互补基因序列、反向互补基因序列、反向基因序列

文献调查工具

• 自动文献下载器（推荐） - 将模糊匹配的文献从scihub批量下载
• 科研领域发展脉络调查辅助工具包（推荐） - 用于通过HistCite的Legend和Pajek的net文件将主路径上的所有文章批量下载
• PDF文件行首序号删除工具 - 主要是用来去除BioRXiv里PDF文件的行首编号方便拷贝文字和阅读

米哈游小工具

• 通过cookie获取原神祈愿URL - 崩铁，米哈游暂未开放获取authkey的api，目前只能依靠查游戏内缓存获取。

其他小工具

• Cloud
• 将任意分隔符文件转换为csv文件
• 将文件重编码为utf-8或者gbk - 如果你打开一个文件是乱码，大概率是编码错误导致的，重新编码或许可以解决问题。
• 快速层次分析法
• 文章字数统计
• 随机整数生成

每日Nature

• 2024年5月7日：中国成功发射了嫦娥6号，下一步会发生什么？
• 2024年5月8日：骇进免疫系统可以延缓衰老——这是如何做到的？
• 2024年5月9日：AlphaFold在促进药物发现方面的主要更新
• 2024年5月10日：描绘大脑的立体毫米级结构的惊人细节
• 2024年5月11日：美国封杀TikTok：这个迫近的限制令如何影响使用这个应用的科学家？
• 2024年5月12日：美国牛身上的禽流感何时会结束？
• 2024年5月13日：网络对你有害吗？大量的研究揭示了其对幸福感的影响
• 2024年5月14日：人类胚胎形成身体的过程是不对称的
• 2024年5月15日：世界上最亮的X光：中国建立了亚洲第一个下一代同步加速器
• 2024年5月16日：实验性的肥胖症药物具有双重减肥效果
• 2024年5月17日：在美国9个州的奶牛都被检测出H5N1阳性，但是在巴氏牛奶中没有发现病毒
• 2024年5月18日：猪器官移植：三位人类异种器官接受者教给了科学家什么
• 2024年5月19日：肠道微生物组与脂肪代谢有关，这会导致肿瘤的生长
• 2024年5月20日：为什么韩国孩子正在控诉韩国政府
• 2024年5月21日：蟑螂的起源：这个臭名昭著的虫子是如何称霸世界的
• 2024年5月22日：在实验室里生长的精子和卵细胞：为重置人类细胞的表观遗传铺平了道路
• 2024年5月23日：奇怪的细菌通过编写新基因来挑战教科书
• 2024年5月24日：超级明星——多孔材料，通过计算机模拟变咸了
• 2024年5月25日：谁将使AlphaFold3开源？科学家们竞相破解人工智能模型
• 2024年5月26日：Ozempic让人惊叹不已：数据显示其对肾脏疾病有益
• 2024年5月27日：尼安德特人与人类的生育是最近发生的，而且时间很短
• 2024年7月20日：让研究者震惊——NASA取消了4.5亿美元的月冰钻探任务
• 2024年7月21日：使用天文学方法检测到的AI“深度伪造”面孔
• 2024年7月22日：在海底发现的神秘氧源——让科学家们感到困惑
• 2024年7月23日：Google AI 可在几分钟内预测长期气候趋势和天气
• 2024年7月24日：所以你得到了一个空结果。有人会发布它吗？
• 2024年7月25日：人工智能容易受到攻击。它能安全使用吗？
• 2024年7月26日：撤稿通知越来越清晰，但进展缓慢
• 2024年7月27日：“特朗普防”美国科学的努力越来越大，但它会成功吗？
• 2024年7月28日：第七名“治愈”艾滋病毒的患者：为什么科学家们感到兴奋
• 2024年7月29日：科学界的性骚扰：印度的生物学家大声疾呼

生物学网站导航

科研服务

• 丁香通 - 买东西用的
• 金唯智 - 合基因测序啥的都不错
• 金斯瑞 - 一般用来合成引物
• 诺唯赞 - 科研界的百亿补贴拼多多
• NEB - 有钱人用的
• 赛默飞 - 有钱人用的

学术搜索

• Web of Science - 需机构购库，用机构ip访问
• SciFinder-n - 需机构购库，用机构ip访问
• CNKI - 需机构购库，用机构ip访问或个人购买
• Sci-Hub - 学术界罗宾汉
• PubMed - 每个医学相关专业学生逃不开的网站
• 谷歌学术 - 需要魔法
• 谷粉学术 - 不用魔法也可以辣
• 超星发现 - 好像学习通更有名一些
• 中国专利局检索
• 欧洲专利局检索
• 美国专利局检索

数据库

• PDB蛋白质结构数据库 - 神中神
• UniProt蛋白质数据库 - 也是神
• NCBI - 核酸序列数据库，生物学学生必备
• addgene - 和NCBI差不多
• KEGG代谢数据库 - 用来查代谢通路必备
• ezbiocloud - 里面可以查很多东西
• naturalantibody - 顾名思义，天然抗体数据库
• DrugBank - 查一些药物的信息
• 酶系统命名法查询 - 顾名思义
• pubchem - 查化合物性质、结构用的
• BRENDA酶数据库 - 可以查到酶的很多信息
• iGEM标准生物元件库 - 垃圾很多，但是有用的东西也不少
• AlphaFold蛋白质结构数据库 - AlphaFold预测的，很全但是不一定可靠
• snapGene官网质粒查询 - 顾名思义
• 保护碱基表 - 记得加保护碱基哦
• 基因本体数据库GO - 顾名思义
• ClinicalTrials - 临床研究数据库
• ChEMBL Database - ChEMBL生物活性分子数据库
• ZINC - ZINC分子数据库，多为虚拟分子，用于药物筛选，可以提供合成服务
• Human Metabolome Database - 人体代谢数据库
• Binding Database - 靶标数据库
• ChemDB - ChemDB化合物数据库
• TargetMol - 商业化合物数据库
• The Human Protein Atlas - 人体蛋白数据库，可查蛋白在各组织内的表达情况
• SCOP - 蛋白质进化数据库

分子对接工具

• HADDOCK - 准确度还不错，就是比较慢
• ZDOCK - 需要教育邮箱
• GRAMM docking - 真的有人用这个吗，不推荐用
• Rosetta Dock - 很好用，这个是用于蛋白-蛋白对接的
• PDBePISA - 可以用于评估对接结果，计算复合体的能量
• SwissDock
• 1-click-docking

蛋白质预测

• AlphaFold3 - 新神降临
• AlphaFold2 - 蛋白质结构预测唯一的神
• Rosetta Protein structure prediction - Rosetta的优势是可以一次预测好多个，准确度也不错
• SWISS-MODEL - 蛋白质同源建模的网站，真的还有人在用吗
• SAVESv6.0 - 用于评估同源建模结果的
• CASTp - 蛋白质结合位点预测

基因组注释

• RAST - 基因组注释的神
• CARD - 做益生菌的话，抗生素抗性别忘了看看
• CRISPRfinder - 可以搜索CRISPR序列
• PHASTER - 可以查前噬菌体
• InterPro - GO数据库注释
• eggNOG-mapper - 也是GO数据库注释
• KofamKOALA - KEGG注释，其实RAST注释也顺便把这个注释掉了，可以在RAST的注释结果里看代谢图
• 346个基因组可视化工具 - 好东西
• antiSMASH bacterial version - 注释细菌基因簇的

其他工具

• Protein Contacts Atlas - 可以画蛋白质图谱
• 抗体可变区CDR标注 - 顾名思义
• metaboanalyst - 代谢网络分析
• Kernel - 在线生物学设计
• connectedpapers - 论文引用关系图谱绘制，有使用次数限制，用多了收费
• protein-hydrophilicity-plot - 蛋白疏水性分析
• DeepTMHMM - 蛋白质跨膜区分析
• Hiplot - 科研绘图
• latexlive - 在线LaTeX公式编辑器
• multifragment - 诺唯赞的Gibson Assembly引物设计软件
• SignalP 4.1 - 一个预测信号肽的软件，这个是带有D分数的版本，D>0.5为可分泌蛋白
• SignalP 6.0 - 不带D分数的最新版
• 觅应 - Meinverse - 可以做一些简单的生物学设计
• SwissADME - 化合物ADME预测
• RNAfold - RNA二级结构预测
• NCBI Conserved Domain Search - 蛋白质保守结构域预测
• NCBI Primer designing tool - 在线引物设计
• UCSC Genome Browser - 基因组注释浏览
• InterProScan - 预测蛋白质功能和结构域
• ESPript 3.x / ENDscript 2.x - 基因对位序列比对
• Genewise - 基因序列比对
• ProTox-3.0 - 化合物毒性预测
• MEME - 蛋白质保守序列分析
• CRISPOR - CRISPR N20序列设计
• GDP - Generic Diagramming Platform - 2023年中山大学iGEM团队开发的免费的科研绘图软件

科研工具平台

• Rosetta
• MEME
• EMBL-EBI

软件推荐

这里是软件推荐，为了避免版权问题这里仅部分软件提供下载源

生物学&化学软件

• SnapGene - 学生物的学生怎么能没有一款趁手的SnapGene呢？当然现在也有一些别的软件，个人用的最习惯的还是snapgene。
• pymol - 用来看和编辑分子3D文件的
• UCSF Chimera X - 也是用来看和编辑分子3D文件的
• Molecular Operating Environment(MOE) - 主要做分子对接的，蛋白-蛋白和蛋白-小分子都可以，新手上手友好
• 薛定谔 - 做药物发现必备
• discovery studio - 感觉和MOE差不多
• gromax - 分子动力学软件；这个比较适合做生物大分子的模拟；开源免费；没有UI；学习成本较高；这里给出一个GPU版，windows下运行；记得配置环境变量
• chemOffice - 用来编辑化学分子式，查看化合物3D模型很好用
• AutoDock - 蛋白-小分子对接软件，想要使用有几个配套的软件要装
• MEGA11 - 用来画进化树的
• OpenBabel-3.1.1 - 一个转化各种蛋白质3D格式的软件
• Primer Premier - 上古时期的引物设计神器，UI充满着复古气息
• swiss pdb viewer - 用来查看和编辑蛋白质3D文件的
• Rosetta - 计算生物学的明珠！这个是需要编译的版本，建议使用这个，可以多线程，但是编译比较麻烦，需要保证python版本为2.7.18 openmpi版本为3.1.0 gcc/g++版本为7
• 预编译Rosetta - 这是一个预编译版本的Rosetta，但是这个版本没有多线程
• Rosetta wsl导出包 - 这是一个已经安装并且配置好Rosetta环境的wsl导出包，使用7z压缩了，请先解压再导入，wsl教程请自行百度

数学&统计学软件

• MATLAB - 不必多言，有一个simbiology的库做生物数学建模挺方便的
• SPSS - 知名统计学软件，不会R的话可以来看看这个
• Prism - 知名医学统计学和科研绘图软件

文献查阅相关

• Pajek - 引文网络主路径分析
• HistCite Pro 2.1 - 绘制文献引用关系图谱
• 知云文献翻译 - 很好用的文献翻译软件
• 有道词典 - 划词和取词功能很好用

IDE

• pycharm - 写python代码必备IDE，个人免费使用，这里给出免费的community edition
• vscode - 最好用的IDE之一，小巧强大

其他软件

• XMind - 学习的时候画思维导图的
• VMware - 知名虚拟机软件，Rosetta要跑在linux系统中