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一个生物学学生的个人网站,主要研究:合成生物学、蛋白质工程、AI4S、表观基因组学。
这里收录了我写的一些 Python 小程序(用 PyWebIO 包装)以及常用的学术资源导航。
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应用列表
生物小工具
细胞悬液接种体积计算
.sc文件转换为.csv文件
- Rosetta 输出的 .sc 转为 .csv,Excel 可直接打开
20个基本氨基酸背诵测试
- 每天一个“今日氨基酸”
DNA序列互补/反向互补/反向
Gibson Assembly 自动引物设计
未找到匹配的“生物小工具”。
其他小工具
任意分隔符转 CSV
文件重编码为 UTF-8/GBK
- 如果文件打开是乱码,重新编码或许可以解决问题
随机整数生成
Sigmoid 函数求解
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游戏
2048 在线游戏
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网站导航
学术搜索
Web of Science
SciFinder-n
CNKI
Sci-Hub
- 学术界罗宾汉
PubMed
谷歌学术
谷粉学术
超星发现
中国专利检索
欧洲专利检索
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数据库
PDB蛋白质结构数据库
UniProt蛋白质数据库
NCBI
addgene
KEGG
代谢通路与信号通路数据库
DrugBank
酶系统命名法查询
pubchem
BRENDA酶数据库
iGEM标准生物元件库
AlphaFold蛋白质结构数据库
snapGene官网质粒查询
基因本体数据库GO
ClinicalTrials
- 临床研究数据库
ChEMBL Database
- ChEMBL生物活性分子数据库
ZINC
- ZINC分子数据库,多为虚拟分子,用于药物筛选,可以提供合成服务
The Human Protein Atlas
- 人体蛋白数据库,可查蛋白在各组织内的表达情况
SCOP
- 蛋白质进化数据库
STRING蛋白质互作(PPI)数据库
西湖大学质粒库
里面的所有质粒全国免费提供
human cell atlas
人类细胞图谱计划
ENCODE
DNA元件百科全书计划
4DN
4D核组计划
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分子对接工具
HADDOCK
ZDOCK
Rosetta Dock
PDBePISA
SwissDock
1-click-docking
CASTp
- 蛋白质结合位点预测
未找到匹配的“分子对接”。
蛋白质预测
Chai1
AlphaFold3
AlphaFold2
Rosetta Protein structure prediction
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基因组注释
RAST
- 基因组注释
CARD
- 抗生素抗性基因注释
CRISPRfinder
- 搜索CRISPR序列
PHASTER
- 前噬菌体查找
InterPro
- GO数据库注释
eggNOG-mapper
- GO数据库注释
KofamKOALA
- KEGG注释
346个基因组可视化工具
antiSMASH bacterial version
- 注释细菌基因簇
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其他工具
foldseek
基于结构的蛋白质搜索
BioGeometry
AI抗体设计
Protein Contacts Atlas
- 蛋白质图谱绘制
抗体可变区CDR标注
metaboanalyst
- 代谢网络分析
Kernel
- 在线合成生物学设计
connectedpapers
- 论文引用关系图谱绘制
protein-hydrophilicity-plot
- 蛋白疏水性分析
DeepTMHMM
- 蛋白质跨膜区分析
latexlive
- 在线LaTeX公式编辑器
multifragment
- 诺唯赞的Gibson Assembly引物设计软件
SignalP 4.1
- 一个预测信号肽的软件,这个是带有D分数的版本,D>0.5为可分泌蛋白
SignalP 6.0
- 不带D分数的最新版
SwissADME
- 化合物ADME预测
RNAfold
- RNA二级结构预测
NCBI Conserved Domain Search
- 蛋白质保守结构域预测
NCBI Primer designing tool
- 在线引物设计
UCSC Genome Browser
- 基因组注释浏览
InterProScan
- 预测蛋白质功能和结构域
ESPript 3.x / ENDscript 2.x
- 基因对位序列比对
Genewise
- 基因序列比对
ProTox-3.0
- 化合物毒性预测
MEME
- 蛋白质保守序列分析
CRISPOR
- CRISPR N20序列设计
APBS-PDB2PQR
metagraph
快速大量序列搜索
juicebox
HiC交互可视化
在线md转pdf
biogdp
免费科研绘图
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科研工具平台
Rosetta
MEME
EMBL-EBI
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软件推荐
生物学 & 化学
SnapGene
pymol
UCSF Chimera X
cytoscape
Molecular Operating Environment(MOE)
薛定谔
discovery studio
gromacs
- 分子动力学模拟
cp2k
- 量子化学模拟
chemOffice
AutoDock
MEGA11
OpenBabel-3.1.1
Primer Premier
swiss pdb viewer
IGV
- 基因组浏览器
Rosetta
需要保证python版本为2.7.18 openmpi版本为3.1.0 gcc/g++版本为7
预编译Rosetta
- 预编译版本的Rosetta,这个版本没有多线程
Rosetta wsl导出包
- 这是一个已经安装并且配置好Rosetta环境的wsl导出包,使用7z压缩了,请先解压再导入,wsl教程请自行百度
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数学 & 统计
MATLAB
SPSS
Prism
R语言
配合RStudio使用
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文献相关
Pajek
HistCite Pro 2.1
Zotero
translate-for-zotero
Zotero中文社区的翻译插件
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IDE
pycharm
vscode
cursor
- AI-IDE
R Studio
用于R的IDE
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其他软件
XMind
VMware
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